À l'occasion de la création, en janvier 2009, de la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services (DGCIS), compétente sur l'ensemble des secteurs de l'économie et en charge du développement et de la compétitivité des entreprises ainsi que des activités de service, trois directions ont été supprimées : la direction générale des entreprises, la direction du commerce, de l'artisanat, des services et des professions libérales, et la direction du tourisme.
En juillet 2008, la réforme du ministère chargé de l'écologie avait conduit à la disparition de la direction de l'action régionale, de la qualité et de la sécurité industrielle, rattachée jusqu'alors à la direction générale des entreprises.
Le service du contrôle général économique et financier (CGEFi) a repris les missions du service de l'inspection générale du tourisme, supprimé en décembre 2008.
Réseau international : le transfert, d'ici 2010, à Ubifrance de l'activité commerciale, et des moyens afférents, de 64 missions économiques s'accompagne d'une réorganisation des fonctions support. L'agence de gestion du réseau international des finances, service à compétence nationale rattaché à la direction générale du Trésor et de la politique économique (DGTPE), a ainsi été créée.
Depuis le 1^er février 2009, le Conseil général de l'industrie, de l'énergie et des technologies (CGIET) succède au Conseil général des mines (CGM) et au Conseil général des technologies de l'information (CGTI), et reprend leurs attributions.
L'INSEE s'est réorganisé, notamment en rassemblant les missions relatives à la production des statistiques industrielles ; le service des études et des statistiques industrielles (Sessi) a été supprimé.
Enfin, la loi de modernisation de l'économie a consacré la création de l'Autorité de la statistique publique et de l'Autorité de la concurrence. Le médiateur du crédit aux entreprises a été nommé auprès du Ministre en octobre.